Phí thẩm định cấp giấy phép môi trường hiện nay

Phí thẩm định cấp giấy phép môi trường là khoản chi phí mà doanh nghiệp, chủ đầu tư dự án nộp lên cơ quan Nhà nước khi thực hiện thủ tục xin cấp giấy phép môi trường. Mức phí không áp dụng cố định cho mọi hồ sơ mà phụ thuộc vào thẩm quyền cấp phép, nhóm dự án, loại hình hoạt động và quy định của từng địa phương. Bài viết dưới đây giúp doanh nghiệp hiểu rõ cách xác định mức phí, người phải nộp, nơi nộp và các khoản chi phí liên quan.

1. Phí thẩm định cấp giấy phép môi trường là gì?

Phí thẩm định cấp giấy phép môi trường là khoản phí mà chủ dự án đầu tư hoặc cơ sở phải nộp khi cơ quan Nhà nước có thẩm quyền thực hiện việc thẩm định hồ sơ đề nghị cấp, cấp lại hoặc điều chỉnh giấy phép môi trường.

Theo Điều 45 Luật Bảo vệ môi trường, chủ dự án đầu tư, cơ sở có trách nhiệm nộp phí thẩm định khi thực hiện thủ tục cấp, cấp lại hoặc điều chỉnh giấy phép môi trường. Đồng thời, mức thu và chế độ quản lý khoản phí này được phân chia theo thẩm quyền của cơ quan trung ương và cơ quan địa phương.

Khoản tiền này về bản chất là phí phục vụ hoạt động thẩm định của cơ quan nhà nước. Do đó, phí thẩm định không đồng nghĩa với toàn bộ chi phí doanh nghiệp cần bỏ ra để hoàn thành thủ tục giấy phép môi trường.

Trong thực tế, tổng chi phí làm giấy phép môi trường có thể bao gồm nhiều khoản như:

• Phí thẩm định hồ sơ theo quy định của Nhà nước.
• Chi phí thuê đơn vị tư vấn lập báo cáo đề xuất cấp giấy phép môi trường.
• Chi phí khảo sát và thu thập số liệu.
• Chi phí quan trắc, lấy mẫu hoặc phân tích mẫu khi phát sinh.
• Các khoản chi phí phục vụ việc hoàn thiện hồ sơ theo yêu cầu thực tế.

Vì vậy, khi dự toán ngân sách, doanh nghiệp không nên lấy riêng mức phí thẩm định làm tổng chi phí thực hiện giấy phép môi trường.

2. Phí thẩm định cấp giấy phép môi trường được quy định như thế nào?

Cách xác định phí thẩm định cấp giấy phép môi trường phụ thuộc trước hết vào cơ quan có thẩm quyền thực hiện hoạt động thẩm định.

Theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường và phí, lệ phí, cơ chế xác định mức thu được chia thành hai trường hợp chính:

• Thứ nhất, đối với hoạt động thẩm định do cơ quan nhà nước ở trung ương thực hiện, Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí.
• Thứ hai, đối với hoạt động thẩm định do cơ quan địa phương thực hiện, Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định mức phí áp dụng tại địa phương. Nguyên tắc phân cấp này tiếp tục được thể hiện trong hệ thống pháp luật về phí và lệ phí hiện hành.

Để xác định đúng phí thẩm định hồ sơ giấy phép môi trường, doanh nghiệp cần thực hiện theo trình tự:

• Xác định dự án hoặc cơ sở có thuộc đối tượng phải có giấy phép môi trường hay không.
• Xác định cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép môi trường.
• Xác định hồ sơ thuộc trường hợp cấp mới, cấp lại hay điều chỉnh.
• Nếu thuộc thẩm quyền trung ương, đối chiếu biểu mức phí của Bộ Tài chính.
• Nếu thuộc thẩm quyền địa phương, kiểm tra nghị quyết đang có hiệu lực của Hội đồng nhân dân tỉnh hoặc thành phố nơi thực hiện dự án.

Cách xác định này giúp hạn chế trường hợp doanh nghiệp tham khảo mức phí của một tỉnh khác và áp dụng nhầm cho hồ sơ của mình.

3. Mức phí thẩm định cấp giấy phép môi trường hiện nay là bao nhiêu?

Mức phí thẩm định cấp giấy phép môi trường hiện nay cần được xem xét riêng giữa hồ sơ do cơ quan trung ương thẩm định và hồ sơ thuộc thẩm quyền địa phương.

3.1. Mức phí đối với hoạt động thẩm định do cơ quan trung ương thực hiện

Đối với hoạt động thẩm định thuộc thẩm quyền cơ quan trung ương, Biểu mức thu ban hành kèm Thông tư 02/2022/TT-BTC quy định các mức phí cụ thể theo từng nhóm dự án và loại hình hoạt động.

Mức phí cấp hoặc cấp lại thông thường gồm:

Đối với dự án hoặc cơ sở thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại, mức phí cấp và cấp lại được xác định theo số lượng thiết bị xử lý chất thải nguy hại:

Đối với dự án nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất hoặc cơ sở nhập khẩu phế liệu đã đi vào hoạt động:

Phí thẩm định cấp điều chỉnh giấy phép môi trường đối với trường hợp thuộc phạm vi biểu phí trung ương là 15 triệu đồng cho một giấy phép của một dự án hoặc cơ sở.

Đáng chú ý, mức phí trên được tính theo từng lần thẩm định. Khoản phí này không bao gồm chi phí đi lại của đoàn kiểm tra thực tế tại cơ sở và chi phí lấy mẫu, phân tích mẫu chất thải theo quy định.

3.2. Mức phí đối với hồ sơ thuộc thẩm quyền địa phương

Đối với hồ sơ do cơ quan địa phương thẩm định, doanh nghiệp không áp dụng trực tiếp biểu phí của cơ quan trung ương mà phải kiểm tra quy định của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh.

Điều này đồng nghĩa cùng là thủ tục cấp giấy phép môi trường nhưng mức phí tại Thành phố Hồ Chí Minh có thể khác mức phí tại Đồng Tháp, Khánh Hòa hoặc địa phương khác.

Ví dụ: Theo Nghị quyết 95/2025/NQ-HĐND của Thành phố Hồ Chí Minh, mức phí áp dụng từ năm 2026 đối với cấp hoặc cấp lại được quy định là 5,5 triệu đồng/hồ sơ đối với dự án đầu tư không thuộc đối tượng phải vận hành thử nghiệm công trình xử lý chất thải và 14 triệu đồng/hồ sơ đối với dự án, cơ sở không thuộc trường hợp trên. Phí điều chỉnh là 1,8 triệu đồng/hồ sơ.

Ví dụ này cho thấy việc tìm kiếm một câu trả lời chung như “phí cấp giấy phép môi trường bao nhiêu tiền” mà chưa xác định thẩm quyền cấp phép có thể dẫn đến sai lệch đáng kể.

Doanh nghiệp nên căn cứ địa điểm dự án và cơ quan xử lý hồ sơ để tra cứu nghị quyết phí đang có hiệu lực tại thời điểm nộp hồ sơ

4.  Ai là người phải nộp phí thẩm định giấy phép môi trường?

Chủ thể có nghĩa vụ nộp phí được pháp luật xác định trực tiếp, thay vì phụ thuộc vào việc doanh nghiệp tự lập hồ sơ hay thuê đơn vị tư vấn thực hiện.

Như vậy, trong trường hợp doanh nghiệp thuê công ty tư vấn môi trường chuẩn bị và nộp hồ sơ thay mình, nghĩa vụ về khoản phí thẩm định về nguyên tắc vẫn gắn với chủ dự án hoặc cơ sở đề nghị cấp phép.

Việc đơn vị tư vấn có thực hiện nộp thay hay không phụ thuộc vào phạm vi dịch vụ và thỏa thuận giữa hai bên, nhưng không làm thay đổi bản chất của phí thẩm định theo quy định của Nhà nước.

5. Nộp phí thẩm định giấy phép môi trường ở đâu?

Tùy từng địa phương và phương thức giải quyết thủ tục hành chính, doanh nghiệp có thể được hướng dẫn nộp phí vào tài khoản của tổ chức thu phí hoặc thông qua phương thức thanh toán được tích hợp trong quá trình giải quyết hồ sơ.

Vì vậy, doanh nghiệp nên sử dụng thông tin thanh toán được cơ quan tiếp nhận hồ sơ cung cấp chính thức, tránh tự chuyển tiền theo số tài khoản tham khảo từ hồ sơ cũ hoặc thông tin của địa phương khác.

6. Câu hỏi thường gặp về phí thẩm định giấy phép môi trường

Bên cạnh mức phí cụ thể, doanh nghiệp thường gặp nhiều vướng mắc liên quan đến cấp lại, điều chỉnh và phạm vi các khoản chi phí đã được bao gồm trong phí thẩm định.

6.1. Phí thẩm định có giống chi phí làm giấy phép môi trường không?

Phí thẩm định và chi phí làm giấy phép môi trường là hai khái niệm KHÁC NHAU và cần được tách riêng khi doanh nghiệp lập dự toán.

Do đó, một báo giá dịch vụ giấy phép môi trường có thể bao gồm hoặc chưa bao gồm phí thẩm định. Doanh nghiệp cần kiểm tra rõ từng hạng mục để tránh nhầm lẫn khi dự toán ngân sách.

6.2. Khi cấp lại giấy phép môi trường có phải nộp phí không?

Trường hợp cấp lại giấy phép môi trường về nguyên tắc vẫn thuộc đối tượng phải thực hiện nghĩa vụ phí theo quy định.

Điều 45 Luật Bảo vệ môi trường xác định trách nhiệm nộp phí đối với cả hoạt động cấp, cấp lại và điều chỉnh giấy phép. Đối với trường hợp thuộc biểu phí trung ương, Thông tư 02/2022/TT-BTC quy định chung mức phí cho hoạt động “cấp, cấp lại”, tức mức phí cấp lại được xác định theo nhóm dự án, cơ sở hoặc loại hình tương ứng.

Đối với hồ sơ thuộc thẩm quyền địa phương, mức thu khi cấp lại phải đối chiếu nghị quyết của Hội đồng nhân dân tỉnh hoặc thành phố tại thời điểm thực hiện.

6.3. Điều chỉnh giấy phép môi trường có mất phí thẩm định không?

Có. Điều chỉnh giấy phép môi trường thuộc nhóm thủ tục có phát sinh phí thẩm định theo quy định pháp luật.

Đối với hoạt động thẩm định thuộc phạm vi biểu phí trung ương, mức phí thẩm định cấp điều chỉnh giấy phép môi trường là 15 triệu đồng/giấy phép/dự án/cơ sở.

Đối với địa phương, mức phí điều chỉnh do Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định. Chẳng hạn, quy định hiện hành của Thành phố Hồ Chí Minh áp dụng mức 1,8 triệu đồng/hồ sơ đối với điều chỉnh giấy phép môi trường.

Vì vậy, doanh nghiệp cần xác định hồ sơ thuộc thẩm quyền nào trước khi tính chi phí điều chỉnh giấy phép.

6.4. Doanh nghiệp có được miễn hoặc giảm phí thẩm định không?

Không có một cơ chế miễn hoặc giảm chung có thể áp dụng mặc nhiên cho mọi doanh nghiệp và mọi địa phương.

Đối với phí thẩm định do cơ quan trung ương thực hiện, doanh nghiệp cần thực hiện nghĩa vụ phí theo mức tương ứng của hồ sơ. Đối với địa phương, chính sách cụ thể cần căn cứ nghị quyết của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh.

Thực tế có địa phương quy định một số trường hợp đặc thù liên quan đến mức thu hoặc không thu phí. Ví dụ, một số quy định địa phương từng xác định trường hợp cấp lại hoặc điều chỉnh do lỗi của cơ quan thẩm định trước đó có thể không thu phí.

Do đó, nếu doanh nghiệp muốn xác định có thuộc trường hợp miễn, giảm hoặc không thu phí hay không, căn cứ trực tiếp phải là quy định đang có hiệu lực tại địa phương nơi hồ sơ được giải quyết.

6.5. Nộp phí thẩm định vào thời điểm nào?

Thời điểm nộp phí phụ thuộc vào thẩm quyền và quy định áp dụng đối với hồ sơ.

Theo Thông tư 02/2022/TT-BTC đối với hoạt động thẩm định do cơ quan trung ương thực hiện, người nộp phí thực hiện nộp phí thẩm định trong thời gian 10 ngày làm việc kể từ ngày nộp hồ sơ đề nghị cấp, cấp lại hoặc điều chỉnh giấy phép môi trường.

Đối với địa phương, thời điểm nộp có thể được quy định khác.

Ví dụ: Quy định của Thành phố Hồ Chí Minh áp dụng từ năm 2026 yêu cầu tổ chức, cá nhân đề nghị cấp hoặc cấp lại giấy phép môi trường nộp phí trước ngày tổ chức họp Hội đồng thẩm định hoặc trước ngày kiểm tra của Đoàn kiểm tra. Trường hợp đề nghị điều chỉnh giấy phép, phí được nộp trước thời điểm nhận kết quả.

Vì vậy, doanh nghiệp cần theo dõi thông báo của cơ quan tiếp nhận hồ sơ thay vì áp dụng một thời hạn chung cho mọi trường hợp.

6.6. Phí thẩm định giấy phép môi trường có bao gồm chi phí làm hồ sơ không?

Không. Phí thẩm định không phải là khoản thanh toán cho hoạt động tư vấn hoặc lập hồ sơ giấy phép môi trường của doanh nghiệp.

Khoản phí này phục vụ hoạt động thẩm định của cơ quan có thẩm quyền. Nếu doanh nghiệp thuê đơn vị tư vấn lập hồ sơ, chi phí dịch vụ được xác định độc lập theo phạm vi công việc và thỏa thuận giữa doanh nghiệp với đơn vị tư vấn.

Đối với biểu phí trung ương, quy định còn nêu rõ mức phí thẩm định không bao gồm chi phí đi lại của đoàn kiểm tra thực tế tại cơ sở và chi phí lấy mẫu, phân tích mẫu chất thải theo quy định.

Phí thẩm định cấp giấy phép môi trường là khoản chi phí bắt buộc cần được xác định ngay từ giai đoạn chuẩn bị hồ sơ. Mức phí phụ thuộc chủ yếu vào thẩm quyền thẩm định, nhóm và loại hình dự án, tình trạng cấp mới, cấp lại hay điều chỉnh và quy định của từng địa phương. Việc xác định đúng cơ quan cấp phép và tra cứu văn bản phí đang áp dụng sẽ giúp doanh nghiệp dự toán chính xác chi phí, chủ động tiến độ và hạn chế sai sót trong quá trình thực hiện thủ tục môi trường.

Quý Doanh nghiệp có nhu cầu tư vấn, thực hiện giấy phép môi trường hoặc các hồ sơ môi trường khác theo quy định hiện hành xin vui lòng liên hệ Hotline: 0938. 857.768 hoặc ĐỂ LẠI THÔNG TIN tại FORM TƯ VẤN để được các chuyên viên tư vấn hồ sơ Môi trường Hợp Nhất hỗ trợ tận tình. 

7. Tài liệu tham khảo

Trong bài viết này, chúng tôi có tham khảo một số tài liệu sau:

• Luật Bảo vệ môi trường 2020
• Thông tư 02/2022/TT-BTC